Основной недостаток системы Уилкса состоит в том, что коды, состоящие исключительно из семантических элементов, обладают как неоднозначностью, так и избыточностью. Например, в терминах семантических элементов нельзя выразить различие между такими словами, как hammer 'молоток' и mallet 'колотушка'. Это, конечно, не столь важно, если эти коды способны отражать существенные семантические различия. В то же время принятое семантическое представление содержит многочисленные повторения; например, представление предложения The shepherd tended his flock. 'Пастух пас свое стадо.' будет состоять из формул, в значительной степени пересекающихся друг с другом, то есть каждый узел будет как бы снова рассказывать все ту же историю. Не ясно, сохранит ли система стабильность при значительном увеличении словаря, скажем, до нескольких тысяч слов.
Вызывает сомнения и то, не станет ли неуправляемым аппарат вывода умозаключений при существенном увеличении количества правил "здравого смысла", не станут ли цепочки нахождения антецедентов местоимений чересчур длинными. Не совсем удовлетворительным кажется и решение всегда выбирать самую короткую цепочку, например предпочитать цепочку из трех шагов цепочке из четырех шагов (хотя предпочитать цепочку из одного шага цепочке из четырех шагов кажется вполне естественным). Эти труд-ности показывают, что принцип предпочтительности в системе должен опираться на систему весов, однако сейчас подобная система отсутствует.